Las maniobras para impulsar un favorito en las elecciones de 2003
En el ámbito de las intrigas políticas internas del justicialismo, Duhalde diseñó una estrategia de contención de las expectativas electorales de Menem, y, de paso, las de Rodríguez Saá, que comenzó por la búsqueda de un candidato peronista capaz de batir a quienes en diferentes momentos encabezaron las encuestas de posibles ganadores en una primera vuelta. Además de Menem y Rodríguez Saá, Kirchner, de la Sota y el gobernador de Salta, Juan Carlos Romero, anunciaron su intención de participar en un proceso de elecciones primarias del PJ que se fue retrasando hasta febrero de 2003.
Inicialmente, Duhalde apostó por el lanzamiento de la precandidatura de Reutemann, pero el ex piloto de Fórmula 1 declinó competir en estas condiciones de atomización de las postulaciones justicialistas. Entonces, Duhalde trasladó sus preferencias a de la Sota, pero el 15 de enero de 2003 anunció que su apuesta para la sucesión presidencial recaía en Kirchner, hasta hacía bien poco relegado en los sondeos, porque compartía «sus ideas vinculadas a la defensa de la producción» y porque figuraba entre los que no querían «volver atrás», en alusión a las políticas de ajuste menemistas.
El apoyo de Duhalde implicaba para Kirchner tener detrás, no sólo el núcleo oficialista del partido y la institución presidencial, sino todo el aparato peronista de la provincia de Buenos Aires, como se apuntó arriba, de largo el distrito político y económico más importante del país. El 24 de enero, Duhalde, con el acuerdo de Kirchner, remachó su estrategia al obtener la aprobación del Congreso del partido a su moción para suspender la elección partidaria interna y trasladar la liza del santacruceño y los dos ex presidentes directamente a la elección presidencial del 27 de abril. La decisión fue tomada por los congresistas en ausencia del sector menemista y pese al fallo de una juez federal con competencia electoral prohibiendo la reforma de la Carta Orgánica del PJ con aquel objeto.
Con el argumento de que los tres aspirantes, de hecho, presentaban programas contrapuestos, el aparato del partido controlado por el duhaldismo resolvió que Kirchner, Menem y Rodríguez Saá concurrieran bajo un régimen llamado de neolemas, es decir, con la autorización de exhibir los símbolos partidarios comunes y los lemas específicos de cada lista, pero sin adjudicación de todos los sufragios justicialistas al más votado de entre ellos, de suerte que, desde el principio hasta el final, los tres iban a enfrentarse como si pertenecieran a partidos diferentes.
Kirchner llegó a las urnas detrás de Menem en los sondeos y, efectivamente, el ex presidente fue el más votado con el 24,3% de los votos, sacándole algo más de dos puntos porcentuales al gobernador. Dado que Menem concitaba un amplio rechazo fuera de sus simpatizantes, todo apuntaba a una contundente victoria de Kirchner en la segunda ronda del 18 de mayo. Pero cuatro días antes de la votación definitiva el antiguo inquilino de la Casa Rosada anunció su retirada invocando la superación de las «falsas antinomias» y sin desperdiciar la oportunidad de lanzar aguijonazos contra Duhalde, a quien implícitamente acusó de «frustrar una voluntad de renovación política expresada por la amplia mayoría de la ciudadanía argentina» cuando suprimió las elecciones internas del peronismo, y de dirigir contra él «una campaña sistemática de difamación y de calumnia», lo que, a su parecer, no garantizaba el objetivo de «contar con un poder político imbuido de la más plena y transparente legitimidad democrática».
El aludido no se mordió la lengua en la réplica a Menem y se sumó al coro de censuras a una decisión que no tenía precedentes en la historia electoral argentina. Duhalde dijo de Menem que «no le interesaba defender las instituciones», que «siempre concibió el poder como algo personal», que «al no poder llegar (con posibilidades a la segunda vuelta) trató de hacer el peor de los daños», y que era «parte de un pasado que debemos sepultar». En cuanto a él, informó que se iba a tomar «un largo descanso» y que no iba a «participar partidariamente en el justicialismo», unas palabras que se antojaron destinadas a desmentir a quienes presentaban a Kirchner como un gobernante sometido al ascendiente de su favorecedor.
En vísperas de la transferencia de poderes en sesión solemne de la Asamblea Legislativa el 25 de mayo, Duhalde decretó el indulto a los dos últimos condenados por el pasado de violaciones de los Derechos Humanos y violencia, Enrique Gorriarán, cerebro del asalto guerrillero al cuartel La Tablada de enero de 1989, y el coronel ultraderechista Mohamed Alí Seineldín, cabecilla de la asonada carapintada de diciembre de 1990. La excarcelación de estos dos personajes, justificada por Duhalde en aras de un «corte para un tema del pasado», resultó polémica y el propio Kirchner expresó su desacuerdo.